075도시 작전과 적조확산저지 작전을 끝내고 복귀한 레이븐 소대.

돌아가자 마자 레이븐 소대는 새 임무 발령까지 대기하라는 명령을 받았으나, 어느 누구도 새 임무를 주지 않았고 지휘관은 루시아와 리브와 리를 대기실로 보내고 어딘가로 연행까지 당한 상황. 

지휘관의 의식 불안정을 빌미로 격리 간호를 실시하였고, 이 일의 책임자는 쿠로노 그룹의 의사가 맡게된다. 즉, 지휘관은 쿠로노의 "시선의 우리"에 격리당한 상황. 쿠로노는 지휘관의 승격자와의 의식연결 적응성이 높다는 것을 눈치채고 지휘관을 자신들의 목적에 이용하려 한다.

하산은 이런 지휘관을 쿠로노의 손에서 벗어나게 하기 위해, 또 다른 공적을 세울 방안을 모색한다.

한편, 차징팔콘 소대의 대장 크롬은 아시모프와 자신의 신 기체, "영광"의 테스트 결과에 대해 얘기 중이였는데.. 영광 기체는 루시아의 "아우"기체와 비슷하게 승격자의 데이터를 입력시켰으나, 루시아의 경우와 다르게 크롬은 의식의 바다가 호환되지 않아 침식될 가능성이 있다는 것이였다.

하지만 크롬의 제안으로 로제타의 데이터를 추가하여 안정화 시킬수 있는 가능성이 확인되고 

아시모프는 곧바로 연구에 들어가게 된다.

아시모프의 연구실에서 나온 크롬은 곧바로 세리카에게 차징팔콘 소대의 다음 임무에 대해 안내받는 도중 이 작전이 원래는 레이븐 소대가 수행할 작전 인것을 알게되고, 크롬의 양아버지인 요한 스미스로 부터 쿠로노의 음모와 그에 말려든 지휘관의 현 상황에 대해 듣게된다.

임무 인수인계를 직접 받아야 한다는 것을 명분으로, 크롬은 지휘관과의 잠깐의 면회를 하게되고

자신이 지휘관에게 빌려준 책의 내용을 토대로 지휘관을 구출해준다는 것을 암시하였고, 

지휘관도 이를 캐치하며 크롬은 작전에 투입하게 된다.

차징팔콘 소대는 지난번 적조 확산 저지 작전에서 위성타격이 발사된 지점에서 적조의 이상한 움직임이 감지되어 그것을 다시 조사하기 시작한다. 적조의 위험성을 고려하여, 현재 카무이와 분리된 카무 또한 작전에 같이 투입되게 된다.

어떤 구역에 폭발물을 설치한 후 터트리자 누군가의 그림자가 구멍 속으로 들어가는 것을 본 팔콘 소대,

그림자를 쫓아 지하에 진입하자 지하 수로로 사용된 공간이 드러난다.

계속 전진하자 큰 공간이 드러났고, 그곳엔 이합생물과 한 소녀가 있었는데...

소녀는 "하이디"라고 자신의 이름을 밝히며, 그 분에게 선택받지 않은 자라고 말한다.

팔콘소대가 하이디를 추궁하자 그분의 계획에 방해될거 같다며 이합생물들을 공격하게 하고 사라진다.

이합생물을 어느정도 처리하자 가브리엘이 나타나게 되고, 루나의 행방을 묻자 승격 네트워크의 배신자들은 신경 쓸 가치도 없다고 말한다. 그리고 가브리엘은 "그 분"이 죽어가던 자신에게 새로운 힘을 준

새로운 대행자라고 말한다. 그렇게 팔콘소대와 가브리엘은 교전에 들어가게 되는데...

교전을 치르던 중, 어딘가에서 한 남성이 나타난다. 갑작스럽게 나타난 남성에게 하이디와 가브리엘이 복종적인 자세를 보이고, 가브리엘은 그를 "본 네거트"라 부르게 된다.

본 네거트는 팔콘소대를 공격하지 않고 팔콘소대의 물음에 답해주게 되는데,

크롬이 왜 대행자가 인간의 시선을 피하는지 묻자 네거트는 인간의 욕심으로 인해 퍼니싱이 발생하였고,

이런 재앙 속에서 인간이 멸종하지 않도록 직접 선별을 해야한다고 주장한다.

크롬과 본네거트가 서로 선별에 대해 토론하던 중 본네거트는 퍼니싱을 이용해 크롬의 의식의 바다를 

공격하게 되고, 크롬은 그로 인해 과거의 기억을 회상하게 된다.

하지만 크롬은 자신의 시각, 청각 모듈을 파괴하여 이를 중지시킨다.

자신의 낫을 이용하여 본네거트에게서 후퇴한 크롬, 다른 차징팔콘 소대원과 합류한 후 적조가 차오르는 것을 보고 여기서 탈출할 것을 지시한다. 크롬은 가는 도중 적조를 최대한 차단하기로 생각한다.

탈출하는 도중 크롬은 본네거트에 공격을 받게되고, 본네거트가 크롬에 몸에 퍼니싱을 조금 심어뒀다고 말한다. 공중정원에 도착한 팔콘소대는 크롬을 업고 의무실을 찾아다니지만, 075도시 작전에서 입은 피해로 인해 부상자가 넘치는 상황. 반즈는 크롬이 의식을 잃기전 쓴 A29라는 단어가 아시모프와의 통신채널인것을 깨닫고 그에게 연락하게 된다. 통신을 받은 것은 아시모프가 아닌 그의 조수 로사였고

로사는 아시모프는 B3구역에 있을거라고 알려준다.

크롬의 상태를 본 아시모프는 좋은 타이밍에 왔다며 크롬을 실험실에 데려갔고, 아시모프가 영광기체의 목에 역원장치를 추가하여 의식 안정성을 높혔다고 말한다. 하지만 기체 교체중에 의식의 바다가 이탈 할 가능성이 크기에 이 수술은 지휘관이 필요하다고 말한다.

한편 하산은 쿠로노 소속인 그린스 의장을 만나 협상하며 지휘관을 빼오는 데 성공하게 되고,

그렇게 지휘관은 곧바로 크롬의 기체 교체 작업에 투입되어 크롬과 심층의식연결을 실행하게 된다.

기체 교체를 성공적으로 마친 크롬은 아시모프로 부터 소형 플라즈마 폭탄을 받게되고, 이를 이용하여

지하의 적조를 제거할 수단을 얻게된다.

다시한번 지하로 간 팔콘소대와 레이븐 소대, 지하를 수색하며 적조가 특정한 곳으로 모이고 있다는 것을 발견하고, 그 흔적을 따라 온실로 이동하게 된다.

온실의 지하에는 적조로 이루어진 나무가 자라나고 있었고, 그 중심에는 어떤 거대한 물체가 숨을 쉬듯 움직이고 있었다.

여기에 폭탄을 설치하려 하자 하이디가 나타나 "엄마"를 건드리지 말라고 말하며 모두를 공격한다.

하이디는 열세에 몰리자 이중합 조각을 "엄마"에게 박았고 거대한 물체가 내는 큰소리에 이합생물이 몰려오게 된다. 이합생물을 처리하자 본 네거트가 나타났고, 그는 이 모체는 아직 시험품에 불과하다며

크롬에게 자신의 실험체를 넘겨주고 게임을 제안하는데, 여기서 살아남는다면 크롬이 말했던 인간의 존재 의의를 인정해주겠다는 것이였다.

그렇게 아직까지도 퍼니싱 대표 패링GOAT 보스인 이중합 모체와 교전에 들어가게 된다.

한편, 알파 또한 가브리엘을 쫓아 이 지하수로에 들어오게 되고, 가브리엘의 흔적을 찾던 중 어떤 여성이 다가오는데...

알파가 그녀의 정체를 묻자 그녀는 자신 또한 본 네거트와 같은 대행자이고, 자신을 "자비로운 자"로 불러달라고 말하였다. 알파는 자신의 목적에 걸림돌이 되지않는다고 생각하며 가브리엘을 찾으러 가고,

승격 네트워크로 인류를 지배하려는 가브리엘에게 알파는 루나가 선별을 행하는 이유는 비열한 자들은 부패하고 세상에 혁신을 일으키기 위해라고 말하며 가브리엘을 처단한다.

크롬이 지하에서 교전하는 와중, 본 네거트는 나머지 팔콘 소대와 루시아와 함께 본 네거트와의 교전을 치르게 되는데..

왜 도우러 왔냐는 루시아의 말에 알파는 루나의 행방을 묻고, 알파와 루시아는 자신들의 비극의 시작점인 "겨울 계획"에 대해 얘기하며 서로 협력하여 본 네거트에 맞서게 된다.

그러던 와중 자비로운자가 나타나며 본 네거트는 갑자기 침묵하며 공격을 멈추게 된다.

 그때 지휘관 밑의 바닥이 붕괴되며 적조에 추락할 위기에 놓이는데..

기적적인 타이밍으로 모체를 쓰러트리고 온 크롬에 의해 구조된다. 하지만 힘겨운 전투로 인해 

크롬의 의식의 바다는 매우 불안정 하였고, 지휘관과 의식 연결로 이를 안정시키게 된다.

그 후 모두는 지하수로를 빠져나오고 곧바로 플라즈마 폭탄이 터지게 되며 적조를 억제하는 데 성공하게된다.